La Junta Administrativa Menonita es la representante oficial de las iglesias menonitas ante el Estado boliviano y otras instituciones. Tiene su personería Jurídica, obtenida el 28 de octubre de 1994, con la Resolución Suprema # 214636 otorgada en La Paz.

La Junta Administrativa Menonita Boliviana en su forma de gobierno es jerárquica, compuesta del presidente, vicepresidente, tesorero, secretaria y vocales.

Las reuniones ordinarias de la Junta Administrativa Menonita Boliviana son cada dos meses, cada iglesia tiene derecho a nombrar y enviar a un delegado oficial. Dicho delegado es elegido por la propia iglesia, queda bajo la responsabilidad de la iglesia el tiempo de duración del cargo de su representante.

Las reuniones extraordinarias están sujetas a las necesidades, aunque en el mes de enero de cada año se convoca a una reunión extraordinaria para tratar los asuntos de las iglesias, para realizar las evaluaciones y planificación de las actividades. En este evento deben estar presentes los delegados titulares y suplentes de cada iglesia más los integrantes de los equipos pastorales.

Los propósitos de la Junta Administrativa Menonita Boliviana son:

• Representar legalmente a las iglesias menonitas.
• Aglutinar a todas las iglesias menonitas en Bolivia.
• Ser un vinculo de unidad, ayuda, compañerismo y confraternidad entre las iglesias.
• Servir como un ente reconciliador y mediador.
• Ofrecer guía, dirección y velar por el buen funcionamiento de las iglesias. Capacitar a los hermanos de las congregaciones.
• Promover oportunidades para servir al prójimo, expresando con hechos el amor de Cristo.
• Apoyar y velar por las actividades de las iglesias y unir los esfuerzos para proclamar el mensaje de salvación y hacer discípulos.